禁教の時代において潜伏した信徒達は、観音像を聖母マリアに見立て(それらの観音像は今日「
マリア観音像」と呼ばれる)、表向きは仏教徒として振舞いながら、ひそかに祈祷文「
オラショ」を唱えた。また、メダイやロザリオ、聖像聖画、クルス(十字架)などの聖具を秘蔵し、キリシタン灯篭を建立、生まれる子に洗礼を授けるなどして信仰を守った。
幕末の開国後の
1864年、
長崎の
大浦天主堂を浦上(現・長崎市浦上)在住の信者が訪ねてきたこと(「信徒発見」と呼ばれる)から、その存在が知られるようになった。キリスト教はいまだ禁教であったため、存在を再認識された信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった(
浦上四番崩れ)。このような状態は諸外国の大非難によって政府がキリスト教を事実上解禁する
1873年(
明治6年)まで続いたが,完全に解禁となり,キリシタンが堂々とキリシタンと名乗れるようになることは
1947年(
昭和22年)の
日本国憲法で
信教の自由を保障するまで待たれることとなった。というより,これまでの法治体制とは大きく違い,
信教の自由のほかに居住・移転・職業選択の自由・法的手続きの保障・
思想及び良心の自由などが明文化されており,それによってキリスト教信教によって有罪と判断した場合は全て違憲として無効になり,
江戸幕府や
大日本帝国政府のようにキリスト教信教だけで有罪に処されることが無いため,一部を除く隠れキリシタンや潜伏キリシタンが
日本国憲法施行後に爆発的に堂々とキリシタンと名乗り始めたといってよい。
江戸時代潜伏していたキリシタン達の中には、数百年もの間司祭などの専門家の導きを受けることなしに自分達だけで信仰を伝えていったため、教義などの信仰理解が大きく変化し、仏教や神道などとも結びつき、もはやキリスト教の原形をとどめないきわめて日本的な俗信と化したため、カトリックに復帰せずに、今なお独自の信仰様式を継承している者達が、
長崎県などに現在でも存在する。これを学術的に「カクレキリシタン」(すべてカナ表記)もしくは「離れキリシタン」と呼ぶ。
近年、過疎や高齢化によって「カクレキリシタン」の数は(1981年:推定3万人)次第に減少している。最近まで伝承が継続されてきた地域として、
長崎県の
五島列島などの地域が挙げられる。五島列島奈留島の火葬場の裏には現在も
聖母マリアの姿をした
墓がいくつも置かれている。現在も信仰を継承している地域は、
長崎県平戸市(旧北松浦郡)
生月町が挙げられる。
長崎市外海町には隠れキリシタンの“神社”
枯松神社があり、現在も例祭が行われている。
なお、未だカトリックに復帰しない理由については、信仰がキリスト教とかけ離れたというよりも、キリスト教徒ですらなくなってしまったという場合も多い。元来はカムフラージュであった
仏教や
神道の思想が本当の信仰になってしまい、キリスト教の信仰が完全に廃れてしまい、ただキリスト教起源の行事だけを、単なる「地域独特の伝統」として継承しているに過ぎないというものである。
・
長野県の
木曽谷を通る旧
中山道沿いの各所には隠れキリシタン信仰の名残が散在している。
塩尻市楢川村の大宝寺には子育て地蔵として隠し奉っていたのだが、首を落とされてしまったというマリア像があり、
木曽町日義には折畳みマリア像、
大桑村の妙覚寺には千手観音に姿を借りたマリア観音像、天長院には子育地蔵と呼ばれているマリア地蔵がある。
