胃液はまた、
感染症の原因になる
細菌や
ウイルスを
殺菌したり、あるいは一部の有害物質を
分解することで、これらから身を守る生体防御システムとしての役割も担っている。例えば
コレラ菌は胃酸によってほとんどが死滅してしまうため、大量の菌を摂取しないかぎり感染は起こらないが、胃酸の分泌が少ない低酸症の患者などでは少量の菌でも発症する。多くの細菌が胃液によって殺菌されるが、中には
赤痢菌のように胃酸に強く100個以下の菌でも感染するものや、
ヘリコバクター・ピロリなどのように胃酸を中和して胃の内部で生息するものもいる。