古代湖であり、魚類や底生動物など50種以上の
固有種を含む生物相に富む。明治から昭和の初期までは、琵琶湖の周囲に大小40数個の
内湖が広がり、多くの生物を育んでいた。しかし琵琶湖の洪水防御のため、1943年から始まった河水統制事業により、事業が終了する1952年までに平均水位が数十cm低下した事や、これに前後して内湖の大半が干拓されたこともあって琵琶湖の自然は大きく変化し、固有の風致や生態系が大きく損なわれた。現在、滋賀県は一部の内湖を復元することを計画
[[外部リンク] 琵琶湖の総合保全について(平成20年度政府への政策提案について) - 滋賀県]しており、生態系の回復や水質浄化が各方面から期待されている
[期待の一例:[外部リンク] 手をつなぐ、未来へつなぐ 内湖の記憶 - 早崎ビオトープネットワーキング]。
東京湾中等潮位 (T.P.) 基準で+84.371 m、
大阪湾平均干潮位 (O.P.) 基準で+85.614 mの高さが琵琶湖基準水位 (B.S.L.) と定められており、「琵琶湖の水位」とはB.S.L.を±0 mとした水位のことをいう。B.S.L.は、
1874年(明治7年)に鳥居川観測点において「これ以上水位が下がることはない」と判断された点として定められたものであるが、その後、瀬田川の改修によって流出量が多くなったことなどにより、水位がB.S.L.以下になることが多くなった。現在では、B.S.L.の値がおおむね満水位となるように水位の調整が行われている。