1916年の
日本による測量の際、澎湖諸島は64の島嶼から構成され、総面積は126.864
平方キロメートルであるという結果が発表された。そのため、永らくこの数値が公式資料として用いられていたが、
2005年に
国立高雄応用科技大学が再調査した結果、90の島嶼から構成され、総面積は141.052平方キロメートルであることが判明した。
北回帰線付近に位置するため、一年を通じて温暖な気候であり、年間の平均気温は23°Cとなっている。しかし島内に
山地が形成されていないことから
降水量は少なく、年間降水量は1,000ミリメートル程度となっている。諸島は
サンゴから成り、また周囲を
サンゴ礁に取り囲まれているので、土壌は痩せている。その為、
植物が育ち難く、植生が豊かな台湾島とは景観が異なる。住民は、豊富に存在するサンゴを古くから活用し、強風から作物や家屋を保護するサンゴの塀や、サンゴのブロックを使った屋根の低い家を造って来た。これらは現在においても、島独特の雰囲気を醸し出しており、近年では歴史的
景観の復元が進められている。