しかし、化石に残るのが、その生物のごく一部分であることはごく普通であるし、運良く全身が残っていたとしても、そこからすぐにその生物のことがわかるわけではない。多くの場合、できる限りの証拠を集めて、その生物の生きていたときの様子を考えようとしても、様々な仮定の上に立ったものしかできない。新たな証拠が発見されることで、それまでの復元像が完全に改められる場合も多い。
有名な例として、保存の良い化石が多いことで知られる
バージェス動物群の
ハルキゲニアがある。全身が残ってはいたものの、各部にさして特徴がなく、どちらが前か、どちら上かも判断がつけにくく、対になった棘を足のようにして立ち、背中から触手を伸ばす動物として復元されたが、中国から類似の動物が発見されたことから、触手と考えたものが足で、棘は背面から上に突き出したものという風に、すべてが逆になってしまった。