ある生物の集合がタクソンになるかならないかは、分類者の立場によって異なる。特に
分岐分類学では
側系統群をタクソンと認めず、
単系統群のみを認めるために、伝統的分類と食い違うことがある。たとえば、「
爬虫類に属する種の集合」は
進化分類学や
表形分類学の立場ではタクソンと認められるが、爬虫類の系統の中に
鳥類が入るため単系統ではなく側系統になり、分岐分類学の立場ではタクソンにはならない。この場合、爬虫類・鳥類をまとめて「爬虫・鳥区」として分類する方法がある。
タクソンが認められたとして、それをどの階級に位置づけるかは本質的には任意である。生物の階級には
門・
綱・
目・
科・
属などがあるが、あるタクソンをどこに置くかに明確な基準はなく、ほとんどの場合に経験的・伝統的に決められる。また、必要に応じて中間の階級を設定することもある。あるタクソンをまとめる際にはその上位の階級名の頭に上や超をつけ、細分する場合には亜をつけるのがよく見られる。